To już 20 lat, odkąd Autoboty i Decepticony przebudziły się i wznowiły swą niekończącą się wojnę. Z Cybertronu, rodzimej planety Transformerów, wylatuje statek, na którym znajdują się najwierniejsi kompani Optimusa. Zmierzają oni na Ziemię, do miasta Autobotów, jednak nagle zostają zaatakowani przez Decepticony, które zabijają załogę statku i pod przykrywką atakują siedzibę swoich wrogów. Optimus postanawia raz na zawsze rozprawić się z Megatronem i wyzywa go na ostateczny pojedynek. Atak Decepticonów zostaje odparty, jednak ginie przy tym Prime, a jego zacięty przeciwnik zostaje poważnie ranny.
W tym samym czasie w stronę Cybertronu zmierza Unicron - wielki Transformer żywiący się planetami. Pokonać go może tylko nowy przywódca Autobotów, używając Matrycy Przywództwa. Tę jednak chce zdobyć Galvatron - sługa Unicrona...

Jest rok 2005. We wszechświecie trwa wojna między dwiema rasami robotów, dobrymi Autobotami i złymi Decepticonami. Ci ostatni zawładnęli już ojczystą planetą Autobotów, Cybertonem, a teraz planują ostateczne podbicie swych wrogów na Ziemi. Przeprowadzają atak na ich bazę, który kończy się niepowodzeniem, ale w wyniku którego ginie przywódca Autobotów, Optimus Prime. Przekazuje on jednak jednemu ze swych kompanów, Ultra Magnusowi, Matrycę Przywództwa, dzięki której rasa Autobotów nigdy nie wymrze, a wojna wreszcie dobiegnie końca. Tymczasem w kosmosie sieje zniszczenie Unicron - gigantyczny robot w kształcie planety, pożerający wszystko na swej drodze. Autoboty jeszcze nie wiedzą, że będą musieli stawić czoła nie tylko jemu, ale i pozostałym przy życiu Decepticonom.

Optimus Prime, przywódca Autobotów, wysyła transportowiec na Ziemię celem zdobycia energonu, tak potrzebnego do walki z Deceptikonami. Tymczasem ich lider, Megatron, podstępem poznaje plany przeciwnika i przejmuje wahadłowiec, wybijając załogę. Dociera na Ziemię, gdzie przepuszcza atak na bazę Autobotów. Optimus Prime przybywa za późno, by ją ocalić, staje jednak do pojedynku z Megatronem. Kiedy wydaje się, że wyjdzie z niego zwycięsko, dochodzi do tragedii.